CGIのファイル（特にPerlのファイル）を転送するときはモードをASCIIモードに設定します。が、基本Autoでも大丈夫です。

ffftpでの設定です。左からASCIIモード、Binaryモード、Autoモードになります。
ASCIIモードはテキストモードとも言います。
転送には｢ASCII｣モード（HTMLファイル 等のテキストデータ用）と、 ｢Binary｣モード（画像等の生データ用）があります。
ソフトによっても多少違いが出るようですが、基本的にBinaryモードだとデータをそのまんま転送します。 一方、ASCIIモードは各行の最後にある改行コードを変更してくれます。
と言うのも、実はパソコンとサーバコンピュータは改行コードが違うのです。と言っても派手に違うわけではないので、普通のHTMLファイルをBinaryで転送しても表示上は問題ありません。

ですが、Perlで書いたCGIスクリプトファイルの場合は一行目のパスが命なのです！

前に「改行の前に空白などを絶対に入れないように」と注意しましたが、実は空白ごときはあまり問題ではなくて、とにかく”#!”に続けて書くパス以外に余計な事を書かないように、という意味だったのです。

こちらで一行目に書いた

#!/usr/local/bin/perl[PCの改行]

は、そのままBinaryモードで転送すると改行コードが変更されません。サーバコンピュータでこの一行目を有効にするには

#!/usr/local/bin/perl[サーバマシンの改行]

となっていなければならないのです。
よって、ASCIIモードで転送する必要があるわけです。

PHPはおそらくどっちでもかまいません。以前は結構厳密にやってましたが、今はPerlで書いたファイルでも基本的にデフォルトの「Auto」で問題ありません。
つまり、

あんまり深く考えなくていい

ってことです。